La sterne naine peut être identifiée par sa petite taille. Sa queue est courte et agitée de mouvements saccadés. Ses cris permettent de reconnaître la sterne naine de loin. Elle lance tout au long du jour ses cris aigus et stridents. Le cri d’alarme est plus rauque.

La sterne naine aime les plages sablonneuses ou les rives caillouteuses des cours d’eau.